Windows CE 最初只是 Windows 的一個精簡版,隨著后來嵌入式主機的不斷發展逐漸成為了全新的操作系統,它有著自己的 CE 內核,而不是傳統 Windows 操作系統的 NT 內核。微軟曾在 2008 年的嵌入式系統大會上宣布將 Windows CE 更名為 Windows Embedded Compact,并與其它產品如 Windows Embedded Enterprise、Windows Embedded Standard 和 Windows Embedded POSReady 一起組成了 Windows 嵌入式系列產品。
注意到,Windows CE 的市場表現一直波動不定,它曾經試圖搶占蘋果牛頓和 Palm Pilot 等個人數字助理設備的市場份額,但未能取得突破。微軟也曾經推出過 Pocket PC 和 Windows Phone 等智能手機平臺,但也未能與 iOS 和 Android 競爭。Windows CE 的品牌也經歷了多次更名和重組,導致混亂和用戶的不滿。
雖然微軟不再為 Windows CE 提供更新,但用戶仍然可以繼續購買和使用 Windows CE 設備,直到 2028 年。Windows CE 作為一個嵌入式操作系統,可能還會在一些特定的領域有用武之地,但它已經不再是微軟的重點產品。